Устанавливаем программу в C:\SISSigner\
Далее в ту же папку копируем наш key файл который мы использовали при получении сертификата (mykey.key) и сертификат который мы получили и скачали с сайта.
Итак все положили туда. Запускаем программу...

Указываем пути и нажимаем
подписать
Собственно файл успешно подписан и готов к установке.